2012年9月，埃及病毒学家Zaki报告从沙特阿拉伯一名60岁急性肺炎并发急性肾功能衰竭的男性患者 中分离出一株新型冠状病毒。随后英国向世界卫生组织WHO报告，一名曾赴沙特和卡塔尔旅行的49岁英国男性患者出现新型冠状病毒感染临床表现，并将该分离病毒命名为London1 novel CoV。
2012年10至11月，在沙特一个有28名成员的家庭中有4名男性先后发生新型冠状病毒感染，其中2人死亡，调查未发现近期有动物接触史，提示存在人一人密切接触感染的可能。
2012年11月，荷兰鹿特丹市确认埃及病毒学家Zaki报告中提到的病毒属于新型冠状病毒HCoV-EMC。此后该病毒感染呈散发状态，全球确认的病例月均不足5例。
2013年2月，世界卫生组织WHO曾认为该疾病“在人与人之间的持续传播风险很低”，但在当年4月至5月，分别出现19名新病例，其分布仍主要集中在中东地区或曾到过该地区的旅行者，其中多数曾与感染者有过接触。
2013年4月28日，1名64岁的法国人因感染新型冠状病毒医治无效死亡，据报道此前这名患者曾于4月17日前到过阿联酋迪拜，22日因发热、腹泻住院，25日出现呼吸困难和咳嗽。
2013年5月，国际病毒命名委员会将此病毒定名为中东呼吸综合症冠状病毒(MERS—CoV)。同时世界卫生组织WHO发出警告，MERS-CoV对全球构成威胁。
2013年7月5日，截止当日全球共发生77例中东呼吸综合征病例，其中死亡43例，病死率高达55.8％。
2015年5月至7月间，在韩国发生了中东呼吸综合症的暴发流行，并有一例密切接触者入境中国后发病，是中国首例输入性中东呼吸综合症患者。
2015年5月20日，韩国确诊第一例中东呼吸综合症，该名患者68岁，男性，从事于农牧相关工作，曾于2015年4月24日到巴林旅行，4月29日至30日在阿拉伯酋长国，5月1日至2日在沙特阿拉伯，5月2日至3日在卡塔尔，5月4日返回韩国，5月11日发病。
2015年5月27日晚10时，世卫组织(WHO)通报，韩国一例确诊中东呼吸综合症的密切接触者经香港入境广东省惠州市，已出现发热症状。该男子属确诊病例的密切接触者，在5月16日曾接触过中东呼吸综合征病人，5月21日已出现不适，5月25日体温达到38.7℃，5月26日乘坐OZ723航班于12时50分抵达香港，经深圳沙头角口岸入境抵达广东惠州。
2015年5月28日凌晨1时，根据WHO通报信息，广东省卫生计生委要求惠州市立即核查，广东省专家组 赶至惠州现场，开展流行病学调查采样等工作。样品于28日上午送广东省疾控中心检测，同时上送中国疾病控制中心，该韩国男子的密切接触者就地接受隔离观察。
2015年6月4日，中国国家卫生计生委通告，于5月29日广东省惠州市出现全国首例中东呼吸综合征确诊病例。
2015年6月11日，广东境内的75名MERS确诊患者密切接触者，无人出现不适，均经二次采样检测中东呼吸综合症病毒核酸，结果为阴性。
2015年6月13日，三星首尔医院在当时是韩国中东呼吸综合症的第二大源头。韩国一名被确诊的第4代感染者就是三星首尔医院救护车上的一名专门接送患者的医务人员，在6月10日被隔离前，他一直从事接诊业务，直接或间接接触的患者达数百人。
2015年7月1日，截至此时，韩国已确诊182例，死亡33例。
2015年7月2日，截至此时，韩国已确诊183例，死亡33例。
2015年7月5日至7月31日，均无新增病例，确认病人保持为186例。从7月11日后死亡人数为36例，并 一直保持到7月31日。
2015年12月23日，韩国保健福祉部宣布，中东呼吸综合症疫情将于韩国当地时间12月23日24时结束，距离韩国最后一名中东呼吸综合症患者死亡已过去28天，38例死亡，近1.7万人接受隔离。
2019年1月至2月，沙特阿拉伯报告82例MERS实验室确诊病例，包括13例相关死亡病例。
2019年1月27日至31日，阿曼报告5例MERS实验室确诊病例，其中2例死亡。病例均为女性并来自该国北部某省的同一家庭，年龄范围为30至59岁。
2019年2月12日至18日，阿曼报告8例MERS实验室确诊病例，包括2例死亡病例，其中4例病例同样来自该国北部某省，与其1月报告的聚集性疫情有关。
2012年至2019年2月，全球27个国家累计报告2374例MERS实验室确诊病例，包括823例相关死亡病例（病死率34.6%）。其中大部分病例来自沙特阿拉伯（1983例实验室确诊病例，包括745例相关死亡，病死率为37.5％）。
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